Am 18. Dezember 2000 haben die 36 Vereine und Kapitalgesellschaften der Bundesliga und 2. Bundesliga den damaligen Ligaverband gegründet, der seitdem für den Profifußball in Deutschland verantwortlich zeichnet. Seit der Generalversammlung der 36 Clubs der Bundesliga und 2. Bundesliga am 24. August 2016 firmiert der deutsche Profifußball unter dem Namen DFL Deutsche Fußball Liga e.V. Dieser ist wie die Landesverbände des DFB stimmberechtigtes ordentliches Mitglied im DFB. Er stellt vier stimmberechtigte Mitglieder im DFB-Präsidium. Das operative Geschäft wird von der DFL Deutsche Fußball Liga GmbH geführt.

Dem DFL Deutsche Fußball Liga e.V. steht ein jeweils für drei Jahre gewähltes, neunköpfiges Präsidium vor. Zum 1. Januar 2022 hat Donata Hopfen den Vorsitz der Geschäftsführung der DFL Deutsche Fußball Liga GmbH übernommen. Als Nachfolgerin von Christian Seifert ist sie damit satzungsgemäß auch Sprecherin des Präsidiums des DFL Deutsche Fußball Liga e.V.

Auf der Generalversammlung des DFL e.V. am 17. August 2022 haben die 36 Clubs der Bundesliga und der 2. Bundesliga unter anderem über die Zusammen­setzung des DFL-Präsidiums bis 2025 entschieden. Als Erster Stellvertretender Sprecher des Präsidiums des DFL e.V. und damit auch Vorsitzender des Aufsichtsrats der DFL GmbH wurde Hans-Joachim Watzke (Borussia Dortmund) erneut gewählt, als Zweiter Stellvertretender Sprecher des Präsidiums und damit auch Stellvertretender Vorsitzender des DFL-Aufsichtsrats Oliver Leki (Sport-Club Freiburg) und als Dritter Stellvertretender Sprecher des Präsidiums Steffen Schneekloth (Holstein Kiel). Das neunköpfige DFL-Präsidium komplettieren Jan-Christian Dreesen (FC Bayern München), Axel Hellmann (Eintracht Frankfurt), Oke Göttlich (FC St. Pauli) und Holger Schwiewagner (SpVgg Greuther Fürth) sowie seitens der DFL GmbH neben Donata Hopfen auch Ansgar Schwenken, Mitglied der DFL-Geschäftsleitung sowie DFL-Direktor Fußballangelegenheiten & Fans, als Präsidiumsmitglied.

Trotz der Eigenständigkeit des deutschen Profifußballs ist der DFB weiterhin ein bedeutender und enger Partner des DFL Deutsche Fußball Liga e.V. Der im Herbst 2016 bis ins Jahr 2023 verlängerte Grundlagenvertrag regelt die Zuständigkeiten und Verantwortungsbereiche zwischen DFL und DFB. Der DFB übernimmt unter anderem neben der Sportgerichtsbarkeit auch die Zuständigkeit für das Schiedsrichterwesen sowie die Aus- und Weiterbildung im Trainerbereich.